島上火山即將爆發,在島上生存的恐龍再次面臨滅絕危機,
美國參議院舉行聽證會來決定是否要拯救島上恐龍,
而伊恩·馬康姆認為要讓恐龍跟著島嶼一起毀滅,
由此來糾正約翰·哈蒙德當初復活恐龍的過錯。

當參議院宣布將不會做出行動後,克萊兒受到哈蒙德生前搭檔班傑明·洛克伍德的傳喚,
來到位於北加州的洛克伍德莊園。洛克伍德的助手伊萊有意將所有恐龍移至另一座島嶼生存,
需克萊兒一起上島來幫忙登錄所有恐龍體內的追蹤系統。

到達島上後,眾人在叢林深處尋找到小藍,而威特利馬上用鎮靜劑制伏歐文和小藍,扔下歐文並將琪雅一起挾持走以治療牠。
這時,島上火山開始爆發,歐文起來後,找到一同被扔下的同伴逃亡至海邊,趁傭兵不注意時搭上運輸船離島......

在莊園裡,梅西偷聽到米爾斯跟一位拍賣官見面,跟著他們溜進莊園地下的實驗室,
得知兩者計劃將所有捕獲的恐龍全數以高價賣到黑市上。
梅西將事情透漏給洛克伍德後,其本想勸說米爾斯去報警自首,卻被米爾斯用枕頭窒息殺害。
運輸船抵達碼頭後將所有恐龍送入實驗室,隨後拍賣給來自世界各地的富豪們,琪雅和富蘭克林暗中溜走時,
歐文和克萊兒不慎被發現而被關起來。

然而,歐文指引關在旁邊的冥河龍打破墻壁後撞開籠子,
找到梅西其帶他們至拍賣場上方觀看首次面世的帝王迅猛龍。
歐文隨後誘使冥河龍跑進拍賣場大肆破壞,帝王迅猛龍隨即逃出籠子,
殺死富豪以及大量保全等,在莊園各處追殺歐文、克萊兒和梅西,
而在實驗室裡的琪雅和富蘭克林釋放小藍殺死衛兵,並跑上樓對抗帝王迅猛龍,
最後從天窗掉下去被一塊三角龍頭骨上的角刺穿而死。

這時,實驗室發生爆炸導致內部的氰化氫氣體洩漏,將毒死被關押的恐龍,
克萊兒深知一旦釋放恐龍至世外將會造成不可挽回的地步,
但梅西認為這些恐龍和她一樣是「生命」而開啟閘門,讓牠們集體衝出莊園迎向自由。
歐文等人走出莊園後再次遇見小藍,而小藍拒絕跟歐文一起走後,跟其他的同類離開。
歐文等人了解這次已經開啟了「新紀元」...